In 2009 is Stichting Vrienden van het Schildpaddencentrum opgericht. Ondersteuning van het Schildpaddencentrum in Alphen a/d Rijn is het doel van de stichting. Net zoals elk ander dierenasiel dient het Schildpaddencentrum jaarlijks voldoende financiële middelen bij elkaar te krijgen om de kosten te kunnen dekken. De kosten met betrekking tot opvang van schildpadden zijn zondermeer hoog te noemen. De hoge kosten liggen voornamelijk in het kunstmatig verwarmen van schildpadden. Schildpadden zijn immers reptielen en daarom volledig afhankelijk van omgevingswarmte. De energiekosten van het Schildpaddencentrum vallen hierdoor vele malen hoger uit in vergelijking met een asiel voor honden en katten. Dit ondanks de zeer hoge isolatiewaarde van het Schildpaddencentrum in combinatie met toegepaste hoog rendement installaties. Bij de huisvesting van moerasschildpadden zijn er daarnaast nog aanzienlijke kosten met betrekking tot gecompliceerde waterzuivering en waterbehandeling om infecties te voorkomen. Dit alles buiten de kosten die met dagelijkse voeding, diergeneeskundige behandelingen en technisch onderhoud zijn gemoeid. Schildpadden zijn bovendien dieren die in gevangenschap respectabele leeftijden kunnen bereiken. 45 jaar voor Noord-Amerikaanse soorten moerasschildpadden en 70 jaar voor Europese soorten landschildpadden zijn geen uitzonderingen. Het is dan ook aannemelijk dat in het Schildpaddencentrum opgenomen schildpadden nog vele jaren verzorgd moeten worden. Het Schildpaddencentrum ontvangt echter geen subsidie van de overheid en is daardoor sterk afhankelijk van financiële ondersteuning door Stichting Vrienden van het Schildpaddencentrum.